Van raadsel naar inzicht: hoe verklaarbare AI ons kan helpen om biologische complexiteit te ontrafelen
In deze blog van BioLizard onderzoeken we hoe verklaarbare AI (explainable AI) de besluitvormingsprocessen van AI in computationele biologie kan verhelderen.
Geen enkele bioloog houdt van een "black box".
Als wetenschappers zijn we sceptisch – we willen weten waarom iets werkt en hoe iets werkt – niet alleen dat het werkt. En daar is een goede reden voor!
Zoals je misschien wel weet, is biologie erg complex en hebben we nog maar nauwelijks inzicht in hoe de biologische wereld werkt. Het is dus logisch dat wanneer we AI gebruiken in de biologie, dat we - om de complexiteit van de biologische informatie waarop AI is toegepast echt te begrijpen - willen weten waarom AI deze voorspellingen maakt – niet alleen dat de voorspellingen lijken te werken.
Gelukkig is dit steeds beter mogelijk, dankzij de technologieën achter verklaarbare AI.
Van "black boxes" naar een dieper begrip van biologie
AI helpt ons nu al om aanwijzingen en inzichten over de biologische wereld te ontdekken, inzichten waar we eerder geen toegang toe hadden. Met klassieke AI-algoritmen krijg je misschien een heel interessante voorspelling uit miljarden datapunten... maar geen inzicht in hoe en waarom het algoritme die voorspelling heeft gedaan.
Dat is waar verklaarbare AI zijn nut bewijst:
Verklaarbare AI verwijst naar AI-systemen waarin hulpmiddelen en kaders zijn ingebouwd om mensen te helpen met het begrijpen en interpreteren van voorspellingen van de AI-algoritmen. Door de redenering achter de conclusies van AI-algoritmen te begrijpen, krijgen we toegang tot een heel nieuw informatieniveau en komen we mogelijk dichter bij het blootleggen van algemene onderliggende wetten of principes op een zeer datagestuurde manier.
Je kunt je goed voorstellen dat dit betekent dat verklaarbare AI veel potentieel heeft op biomedisch gebied.
Verklaarbare AI kan bijvoorbeeld worden gebruikt om...
- ervoor te zorgen dat mensen intellectueel toezicht houden. Of om meer interactie tussen de menselijke gebruiker – een wetenschapper of arts bv. – en het AI-systeem te bevorderen.
- ons vertrouwen in algoritmische uitkomsten of voorspellingen te vergroten.
- eventuele tekortkomingen van het algoritme te identificeren, bijvoorbeeld door bepaalde populaties aan te duiden die in de bestaande gegevens ontbreken, waardoor de voorspellingen minder nauwkeurig kunnen zijn.
- wetenschappers te informeren over extra gegevens waarmee het algoritme verbeterd kan worden – bijvoorbeeld door extra gegevens toe te voegen van een specifieke subpopulatie die in een klinisch onderzoek te weinig werd gebruikt.
Meer weten over praktische toepassingen van AI in data analyse en biologie?
Making sense of cells. The role of AI in advancing biomedical and computational biology
Highway seminarie - Gent - BioLizard, Vlaamse AI-onderzoeksprogramma, VAIA
Highway: connecting industry with state of the art in AI research
seminariereeks - Vlaanderen - VAIA, Vlaams Onderzoeksprogramma, Flanders AI EDIH
Verklaarbare AI verklaren
Oké, verklaarbare AI lijkt dus een grote impact te hebben op biowetenschappelijk onderzoek... Maar hoe werkt het eigenlijk?
AI kan op verschillende manieren verklaarbaar worden gemaakt.
Eén manier waarop verklaarbare AI kan worden opgebouwd is door gebruik te maken van de speltheorie. Bij deze strategie pas je de invoerparameters iteratief aan en kijk je vervolgens wat er verandert in de uitvoer. Door bijvoorbeeld veranderingen in de uitkomst te evalueren die samenhangen met veranderingen in de invoervariabelen of door subsets van invoergegevens te verwijderen, kun je precies bepalen welke gegevens belangrijk zijn voor de voorspelling van het AI-systeem. Hierdoor kan je de innerlijke werking van het algoritme onderzoeken.
Een tweede strategie is om een tweede AI-model toe te voegen, bovenop het eerste. Dit tweede, "observerende" model heeft als taak om de uitvoer van het eerste model terug te koppelen naar je invoergegevens en zo te verklaren wat de voorspellingen van het eerste model bepaalde.
Een andere strategie die in opkomst is, zijn AI-modellen gebaseerd op Bayesiaanse statistiek. Deze zijn van nature verklaarbaar omdat ze allemaal neerkomen op netwerken. Als je dit type algoritme gebruikt, kun je eenvoudig zien hoe het model alle knooppunten in je invoergegevens met elkaar heeft verbonden.
Afhankelijk van het project is de ene strategie en methodologie beter geschikt dan de andere. Hoewel verklaarbare AI een boeiende ontwikkeling is, is het onwaarschijnlijk dat alle biologen zich in de toekomst altijd zullen wenden tot verklaarbare AI-algoritmen om waarde uit hun gegevens te halen. Soms is het uitvoeren van eenvoudigere data-analyse voldoende.
Bij BioLizard beginnen ze, nadat ze de gegevensuitdaging hebben begrepen, altijd met de eenvoudigste aanpak. Soms kan een analytische uitdaging worden aangepakt met slechts een eenvoudige regressie – zo niet, dan werken ze omhoog in termen van analytische complexiteit om de beste modelbenadering te vinden die past bij de invoergegevens en de overkoepelende biologische vraag.
Verklaarbare AI mag dan veelbelovend zijn, maar we moeten niet vergeten dat menselijke hersenen essentieel zijn om echt alles uit je gegevens te halen. Mensen kunnen immers betere bigger-picture verklaringen geven dan AI modellen op dit moment.
Stel je bijvoorbeeld voor dat je een klinisch onderzoek hebt uitgevoerd dat uitsluitend gegevens van mannen bevat. Je kunt het beste verklaarbare AI-algoritme gebruiken, maar het zal nog steeds niet in staat zijn om uitkomsten te voorspellen die specifiek zijn voor vrouwen, omdat het alleen maar 'geleerd' heeft om uitkomsten te bepalen op basis van gegevens van mannen. Zelfs als verklaarbare AI meer gebruikt wordt, zal het nog steeds belangrijk zijn om het bredere wetenschappelijke perspectief van je biologische vraag te overwegen en na te gaan of je gegevens je echt de antwoorden kunnen geven, voordat je begint met modelleren.
Dat gezegd hebbende, in onze denkbeeldige casestudy met alleen mannelijke gegevens, is het juiste verklaarbare AI-algoritme misschien niet in staat om voorspellingen te doen over wat er gebeurt bij vrouwen... Maar het is misschien wel in staat om wetenschappers te ondersteunen bij het identificeren van volgende stappen die genomen kunnen worden om het algoritme te verbeteren – zoals het vergroten van de gegevensdiversiteit.
Verklaarbare AI aan het werk: De case van Bio|Mx
Bij BioLizard zijn ze al begonnen met het benutten van het potentieel van verklaarbare AI om datagestuurde identificatie van nieuwe biomarkers en targets te ondersteunen. Ze hebben Bio|Mx, hun AI-gestuurde multi-omics integratie- en analysetoepassing, zo gebouwd dat het niet alleen een voorspelling maakt op basis van de ingevoerde gegevens. Het gaat een stap verder door extra informatie te geven over de nuances achter de voorspellingen, zoals het statistisch vertrouwen in de verschillende voorspellingen en welke datasets/bronnen de uitkomst ondersteunen.
Alles bij elkaar betekent dit dat Bio|Mx de menselijke gebruikers in staat stelt om de controle te houden en gebruik te maken van de combinatie van AI-gestuurde voorspellingen en hun eigen diepgaande biologische kennis om de beste R&D-beslissingen te nemen.
Bio Lizard
Meer artikels van deze auteurGerelateerde opleidingen
RCR: Clinical Radiology AI Blended Learning Programme
Course - Online - The Royal College of Radiologists